Identificamos dos principales amenazas que pueden ocasionar la extinción de la Rana Arlequín Variable (Atelopus varius) en Costa Rica:
Pérdida y degradación del hábitat: Esta amenaza estpa representada principalmente por la contaminación de los ecosistemas acuáticos; el manejo inadecuado de los sistemas agropecuarios; el manejo inadecuado de las zonas de protección hídrica.
Las enfermedades: ocasionadas o relacionadas con el hongo Batrachochytrium dendrobatidis (Bd); Protocolos de bioseguridad inadecuados.